Kljub velikim napredkom, ki jih je ortodontija doživela zadnjih 20 let, se še vedno pojavljajo stranski učinki ortodontskega zdravljenja. Posledice nošenja aparata so lahko prehodne: bolečina v dlesni, občutek, da se zobje majejo, in manjše poškodbe na notranji strani ustnic zaradi drgnjenja ob aparat. V primeru slabe ustne higiene lahko pride tudi do bolezni in krvavenja dlesni, zobne gnilobe, zabarvanja zob ob nosilcu in krajšanja zobnih korenin. Po zaključku ortodontskega zdravljenja obstaja verjetnost, da se zobje vrnejo v svojo prvotno pozicijo, zato je nujno potrebno nositi snemljivi zobni aparat ali retencijsko žičko na notranji strani zob, ki ohranja zobe na svojem mestu.